آنفلوانزاي پرندگان H5N1 از طرق مختلفي همچون پرنده به پرنده، پرنده به انسان، محيط به انسان و شايد از انسان به انسان مي تواند انتقال يابد.

انتقال از پرنده به پرنده :
پرندگان آبزي بخصوص اردك هاي وحشي وقتي به آنفلوانزاي پرندگان آلوده شوند، علائم بيماري در آنها ظاهر نمي‌شود و اين پرندگان فقط ناقل سالم مي باشند و بطور كلي اردك هاي وحشي مخازن طبيعي اين ويروس در طبيعت مي‌باشند و بدون اينكه به بيماري شديدي مبتلا شوند قادرند ويروس را در محيط اطراف خود منتشر كنند ولي مرغ و خروس ها شديداً مستعد ابتلا به بيماري آنفلوانزاي پرندگان هستند. از آنجا كه ويروس در ترشحات بدن خصوصاً بزاق، ترشحات بيني و مدفوع پرندگان به مقادير فراوان موجود است، بيماري براحتي در جريان تماس مستقيم پرندگان وحشي با پرندگان اهلي و از طريق آب آشاميدني مشترك باعث آلودگي پرندگاني مثل مرغ و خروس مي شود. با آلوده شدن مرغ و خروس ها بيماري به آساني از يك مرغداري به مرغداري ديگر انتقال مي يابد زيرا تعداد زيادي ويروس در فضله پرندگان وجود دارد و باعث آلودگي گرد و غبار و خاك مي گردد و ضمناً ويروس از طريق هوا به آساني از پرنده اي به پرنده ديگر منتقل مي شود . لوازم و اشياء‌ آلوده، غذاها، قفسه ها، لباس ها و بويژه كفش هاي كارگران مرغداري، قفس‌ها و كاميون هاي مخصوص حمل پرندگان نيز موجب انتقال ويروس از محلي به محل ديگر مي شوند. ويروس همچنين از طريق پاها و بدن حيواناتي نظير جوندگان كه نقش ناقل مكانيكي را ايفا مي نمايند نيز ممكن است منتقل گردند.
ويروس ممكن است از طريق فضولات پرندگان وحشي آلوده به ماكيان اهلي انتقال يابد. خطر انتقال ويروس زماني افزايش مي يابد كه ماكيان اهلي خارج از قفس و آزاد بوده و يا از منابع آب آلوده به فضولات پرندگان وحشي ناقل، استفاده نمايند. بازارهاي عرضه مرغ هاي زنده (wet market) نيز در صورتيكه وضعيت بهداشتي مناسبي نداشته باشند يكي ديگر از منابع انتشار ويروس خواهند بود. ويروس عامل آنفلونزاي پرندگان ممكن است از طريق تجارت بين المللي پرندگان زنده از كشوري به كشور ديگر انتقال يابد. نكته مهم و قابل ذكر ديگر اين است كه معمولاً پرندگان وحشي آبزي و مهاجر معمولاً ناقل ويروس با قدرت بيماريزايي پائين هستند ولي وقتي ويروس پرندگان وحشي به پرندگان اهلي انتقال مي يابد در جريان انتقال بتدريج (ظرف مدت چند ماه) به فرم شديداً بيماريزا موتاسيون مي يابد. هرچند كه در حال حاضر شواهدي بدست آمده است كه برخي از پرندگان مهاجر مستقيماً ويروس H5N1 را به همان صورت شديداً بيماريزا حمل نموده و منتشر مي نمايند.
همچنين پرندگان مهاجر و از جمله انواع آبزي،‌ دريايي و ساحلي قادر به حمل ويروس تا فواصل خيلي طولاني و انتقال به مناطق جديد مي باشند. با توجه به اينكه موارد اپيدمي در پرندگان كشور روسيه و تركيه ديده شده است و با عنايت به اينكه پرندگان وحشي با شروع فصل سرما از سيبري و حاشيه درياي خزر به تالاب هاي انزلي و شمال كشور و يا سواحل جنوبي كشور ايران مهاجرت مي نمايند و باز با عنايت به اينكه در شمال كشور تقريباً تمام روستائيان پرندگان اهلي از جمله مرغ و خروس و اردك و بوقلمون نگهداري ميكنند كه آزادانه در محيط دانه بر مي چينند و ممكن است با پرندگان وحشي مهاجر ناقل بيماري تماس داشته باشند، خطر شيوع آنفلوانزاي مرغي در بين ماكيان ايراني بسيار محتمل و قريب الوقوع مي باشد.

انتقال از حيوان به انسان
در جريان اپيدمي سال 1997 مشخص شد كساني كه با پرندگان تماس نزديك داشته اند به بيماري مبتلا شده اند و اغلب موارد انتقال از پرندگان به انسان در جريان Close contact با پرنده بوده است. اين تماس نزديك معمولاً شامل نگهداري و بازي با پرندگان، سربريدن پرنده، كندن پر، از بين بردن بقاياي اجساد پرندگان، تميز و ضدعفوني كردن محيط زندگي پرندگان،‌كار در مرغداري و يا فروش پرنده در بازارهاي فروش زنده پرندگان مي باشد. راه اصلي انتقال در جريان اين تماس ها اين است كه ويروس به حالت آئروسل در آمده و در سطوح مخاطي باز مثل چشم، بيني و دهان تثبيت شده و وارد دستگاه تنفسي تحتاني بيمار مي شود. البته ذكر اين نكته مهم است كه انتقال از پرنده به انسان از طريق فوق خيلي هم شايع و آسان نيست، اگرچه اخيراً بيش از 100 مورد ابتلاي انساني گزارش شده است ولي بايد توجه داشت كه در مقايسه با تعداد بسيار زياد پرندگان و مواجهه هاي طولاني و متعدد انها با انسان ها، ابتلاي اين تعداد مورد انساني بسيار ناچيز است. بالاخره نكته بسيار مهم ديگر آنكه تابحال هيچ مدركي دال بر اينكه خوردن گوشت و تخم مرغ پرندگان مبتلا خصوصاً گوشت و تخم مرغ كاملاً پخته شده پرندگان باعث انتقال بيماري شده باشد بدست نيامده و بنظر مي رسد تنها راه مهم انتقال بيماري آنفلوانزاي پرندگان از ماكيان به انسان همان تماس نزديك و طولاني مدت پرندگان با انسانها مي باشد.

انتقال از انسان به انسان
شواهدي دال بر انتقال ويروس آنفلوانزاي پرندگان H5N1 از انسان به انسان وجود دارد براي مثال در تايلند سه نفر عضو يك خانواده كه با يكديگر تماس نزديك داشتند مبتلا به بيماري شدند. مورد اوليه يك دختر 11 ساله بود كه تماس طولاني با پرندگان و مرغداري داشت و زماني كه مبتلا به بيماري شده بود مادر وي از او پرستاري و مراقبت نموده بود. سپس مادر وي مبتلا به بيماري شده بود كه هم مادر و هم كودك در اثر ابتلا جان خود را از دست دادند.
خاله دخترك كه تماس نزديك با دختر داشت نيز مبتلا به يك بيماري تنفسي شد كه متعاقب درمان با داروي oseltamivir بهبودي يافت. ويروس H5N1 هم در مادر و هم در خاله يافت شده بود ولي متأسفانه بدليل آنكه از دختر هيچ نمونه اي گرفته نشده بود موفق به جدا نمودن ويروس از دختر نشدند ولي علائم باليني دخترك دقيقاً دلالت بر بيماري آنفلونزا داشت.
در يك مورد ديگر در هلند در جريان اپيدمي آنفلوانزاي پرندگان H7N7 نيز سه نفر از اعضاء‌ يك خانوده كه تماس نزديك با يكديگر داشتند مبتلا به بيماري شدند. به علاوه يك دامپزشك سالم كه با ويروس تماس يافته بود دچار يك بيماري كشنده تنفسي شد. در جريان بررسي و آزمايش از ويروس جدا شده از اين دامپزشك متوجه شدند كه موتاسيون‌هاي ايجاد شده باعث شده بود تا ويروس باعث شود يك بيماري خفيف كونژيكتيويتي منجر به يك بيماري تنفسي كشنده شود و بالاخره اخيراً در شمال ويتنام با انجام آزمايش RT-PCR مشخص شد ويروس از يك فرد مبتلا به بيماري خفيف به ساير افراد خانواده منتقل شده است. بهرحال آنچه مسلم است اين است كه در صورتي انتقال از انسان به انسان رخ خواهد داد كه تماس طولاني مدت و نزديك با يك فرد مبتلا وجود داشته باشد و تماس هاي معمولي اجتماعي باعث انتقال بيماري نمي شود. احتمال انتقال عفونت بصورت نوزوكوميال نيز وجود دارد ولي ميزان آن بسيار پائين مي باشد.
حتي زمانيكه شيوه هاي استاندارد و احتياطات همه جانبه لازم در جهت پيشگيري از ابتلا به بيماري رعايت نمي شود باز هم شانس ابتلا به عفونت بيمارستاني بسيار كم و محدود مي باشد.

انتقال از محيط به انسان
با توجه به بقاي طولاني مدت آنفلوانزاي پرندگان در محيط، امكان انتقال از محيط به انسان در جريان خوردن آب آلوده يا خود تلقيحي داخل مخاط چشم يا داخل بيني با دست آلوده خود فرد مي توانند باعث انتقال ويروس H5N1 شوند. شايان ذكر است كه مدت زمانيكه ويروس در محيط زنده مي ماند بسته به درجه حرارت و رطوبت محيط متفاوت است ولي بطور كلي ويروس در شرايط مرطوب و خنك قادر است تا چندين هفته در محيط زنده بماند.